Draugijos veiklos tikslai:

• Puoselėti ir plėtoti fiziologijos mokslą Lietuvoje, tęsti jo teigiamas tradicijas, vienyti fiziologus ir gretimų mokslų specialistus fundamentaliųjų ir taikomųjų fiziologijos uždavinių sprendimui.
• Padėti Draugijos nariams (toliau vadinama Nariai) kelti mokslinę kvalifikaciją, publikuoti ir įdiegti tyrimų rezultatus.
• Rūpintis fiziologijos dėstymu Lietuvoje,  skleisti fiziologijos mokslo laimėjimus, tobulinti lietuviškąją fiziologijos terminiją.
• Teikti nariams metodinę, techninę, finansinę ir moralinę pagalbą.
• Reikalauti iš narių laikytis mokslininko etikos.